Como estrategia para la conservación del patrimonio natural y cultural, y la racionalización del aprovechamiento de recursos naturales en el marco de un desarrollo sostenible, la CDMB ha desarrollado una propuesta de Sistema Regional de Áreas Protegidas (SIRAP) para su jurisdicción. Se entiende por área protegida un área definida geográficamente que haya sido designada o regulada y administrada a fin de alcanzar objetivos específicos de conservación (Ley 165 de 1994)
El SIRAP propuesto involucra áreas de los trece municipios de la jurisdicción de la CDMB: Bucaramanga, Floridablanca, Piedecuesta, Girón, Suratá, Matanza, Charta, Tona, California, Playón, Lebrija, Rionegro y Vetas. Contiene ecosistemas de páramo, bosque alto andino, bosque andino, ecosistemas secos, xerofíticos, selvas higrofíticas, los cuales están amenazados por la intervención antrópica, ampliación de la frontera agropecuaria, uso intensivo de agroquímicos, deforestación y minería. Esta situación amerita implementar acciones inmediatas para conservar los relictos de bosques y ecosistemas existentes, entre las cuales se cuenta la declaratoria de áreas protegidas y la definición de categorías de administración y manejo de las mismas, para lograr la preservación de especies nativas, endémicas, amenazadas y garantizar la oferta de bienes y servicios ambientales esenciales para las poblaciones del nororiente de Santander y en general la sostenibilidad ambiental actual y futura del territorio . La propuesta considera la categoría para el manejo y administración de cada área en particular.
La identificación de los posibles sitios de relevancia y significancia ambiental dentro de la jurisdicción de la CDMB, es resultado del proceso de ordenación de cuencas hidrográficas, proceso concertado y validado por las comunidades localizadas en estos territorios.
Actualmente han sido declarados los Distritos de Manejo Integrado de los Recursos Naturales Renovables - DMI de Bucaramanga y Páramo de Berlín. Igualmente se encuentra en estudio para declaratoria de áreas protegidas los ecosistemas, Bosques Húmedos de El Rasgón (Piedecuesta), Cerro La Judía (Floridablanca y Piedecuesta), Humedal El Pantano (Girón) y Lagunas de Santurbán (Vetas, California y Suratá).